מספרים שפעם בא רבי חיים מוואלוז'ין יחד עם בנו הקטן איצל'ה (אשר לימים התפרסם בשם הגה"ק ר' יצחק מוואלוז'ין) שהיה בגיל שש שנים, לבקר ולהנות מזיו פניו של רבו הקדוש – הגאון מווילנא. בשעה שהם נכנסו לחדרו של הגר"א הוא היה טרוד כל כך במחשבתו הקדושה ושקוע בשרעפיו עד כדי כך שלא הבחין בהם כלל, ורק כעבור זמן מה התעורר מדבקותו וראה אותם.
ר' חיים הבין שבוודאי רבו הקדוש היה שקוע במחשבתו בעניין עמוק ונשגב, והעז לשאול אותו במה הייתה טרודה מחשבתו הקדושה. השיב לו הגר"א: 'מזה זמן רב שטרוד אנכי וחושב היכן נמצא בפרשת הבריאה רמז למה שאמרו חז"ל שהתנה הקב"ה עם הים קודם שבראו שיבקע לפני ישראל, ואיני מוצא'.
בעוד ששני גאונים וקדושים אלו חושבים בדבר, פנה איצל'ה הקטן לאביו וביקשו בלחישה שיבקש הוא מרבו רשות בעבורו לומר לו תירוץ על שאלתו, כיוון שבוש וירא הוא מהרב לשאול זאת ממנו בעצמו. ר' חיים ביקש את רשותו של הגר"א שיאמר בנו תירוץ, והגר"א שהיה איש אמת המוכן לקבל את האמת ממי שאמרה, גם אם ילד קטן הוא, אמר לילד הרך: 'פתח פיך בני חביבי, פתח פיך ויאירו דבריך'.
השיב הילד הטהור לרבו הקדוש הגר"א, שדבר זה נרמז במה שנאמר בפרשת הבריאה: "ויאמר אלקים יקוו המים מתחת השמים אל מקום אחד ותראה היבשה", כלומר שהקב"ה התנה עם הים קודם שבראו שמה שכעת הוא שם אותו במקום המיועד לו – "אל מקום אחד" – זה רק באופן זמני, אך כשיצאו עם ישראל ממצרים ויבואו לפני ים סוף יהיה עליו לפנות את מקומו ולגלות את האדמה שתחתיו – "ותראה היבשה" כדי שיוכלו עם ישראל לעבור.
כששמע הגר"א את תירוצו אורו עיניו, ואביו ר' חיים התמלא שמחה.
הובאו הדברים בספר אמרי נועם על פרשת בשלח:
בפרשתנו מסופר על הנס הגדול והמופלא שעשה הקב"ה לאבותינו בצאתם ממצרים – נס קריעת ים סוף.
אומרים חז"ל במדרש שכשאמר הקב"ה למשה: "ואתה הרם את מטך ונטה את ידך על הים ובקעהו ויבואו בני ישראל בתוך הים ביבשה" – "אמר משה לפני הקב"ה: אתה אומר לי שאקרע את הים ואעשה את הים יבשה, והכתיב: 'אשר שמתי חול גבול לים', והרי נשבעת שאין אתה קורעו לעולם? אמר לו הקב"ה: לא קראת מתחילת התורה מה כתיב: "ויאמר אלהים יקוו המים"?! אני הוא שהתניתי עמו, כך התניתי מתחילה שאני קורעו, שנאמר: "וישב הים לפנות בוקר לאיתנו" לתנאו שהתניתי עמו מתחילה".
לפי דברי המדרש הללו, מה שנאמר בפרשת הבריאה: "ויאמר אלקים יקוו המים מתחת השמים אל מקום אחד ותראה היבשה".
וזהו גם פירוש הפסוק: "ויט משה את ידו על הים וישוב הים לפנות בוקר לאיתנו" וכפי שכתב בעל הטורים שם: "לאיתנו אותיות לתנאיו, שהתנה הקב"ה על הים במעשה בראשית שיבקע לפני ישראל".